概览
主要功能
- 在 PubTator3 和 Europe PMC 上搜索文献
- 去除 PMID/PMCID/DOI 标识符的重复项
- 添加 Semantic Scholar 接口并支持过滤
- 在基因、变体、药物、疾病、通路、蛋白质或文章之间转换
- 使用原生终端、SVG 和 PNG 图表本地分析研究
- 使用 biomcp enrich 和 biomcp batch 进行丰富和批量处理
价格
- 模型
- Free
- 分类
- 服务配缩器
- 评分
- 暂无评价
使用场景
文献搜索
使用 BioMCP 在 PubTator3 和 Europe PMC 上搜索文章，并去除 PMID/PMCID/DOI 标识符的重复项。
研究分析
使用 BioMCP 分析下载的 cBioPortal 样式数据集，使用原生终端、SVG 和 PNG 图表进行本地研究分析。
优点 & 缺点
优点
- 搜索和分析生物医学数据的统一接口
- 支持跨多个来源搜索文献
- 允许在实体之间转换而无需重建工作流
- 支持使用原生终端、SVG 和 PNG 图表进行本地研究分析
缺点
- 由于独特的命令语法，学习曲线较陡
- 仅限于生物医学数据源
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问答
如何报告可复现的问题?
请包含：具体的命令、期望结果与实际结果、 biomcp --version、相关环境详细信息、以及在使用 --json 时问题是否可以复现。
Asked by Anya Sokolova · May 29, 2026
BioMCP 适合用于最终的临床决策吗?
BioMCP 是一个检索工具和工作流管理工具，临床决策需要专家审查和机构验证流程。
Asked by Fiorella Bianchi · May 25, 2026
如何快速检查有哪些可用命令?
使用 biomcp list biomcp list trial biomcp list variant 可以快速查看可用的命令。
Asked by Ekaterina Orlova · May 5, 2026
为什么一些字段会缺失?
BioMCP 会返回精简的默认值，并依赖上游源的完整性。当需要更详细的信息时：请请求特定字段，将输出格式设置为 JSON，使用 biomcp health --apis-only 验证源的可用性。
Asked by Thandiwe Dlamini · Mar 25, 2026
如何部署BioMCP作为MCP服务器，并如何处理认证?
使用 biomcp serve 进行本地 stdio 客户端。使用 biomcp serve-http --host <主机> --port <端口> 进行远程流式 HTTP 部署，MCP 端点是 /mcp，/health，/readyz 和 / 可用于探测。HTTP 传输是未经身份验证的。在设计中，我们没有实现用户登录、令牌鉴权、OAuth 鉴权或用户认证。将远程部署放置在您的网关、反向代理、SSO / mTLS 层、VPN 或私有网络策略之后。为内置来源提供提供者密钥的环境变量位于BioMCP进程上。请参见 MCP 服务器参考和 API 密钥。
Asked by Amina Diallo · Mar 14, 2026
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